Монтажно-технологическое управление «Альтаир» было создано в 1952 году для решения задач по вводу в эксплуатацию специальной техники и оборудования на объектах Министерства обороны.
С 1958 г. МТУ «Альтаир» работает на космодроме Байконур, с первого космического старта. В настоящее время, имея филиал на космодроме «Байконур», выполняет работы на технических позициях подготовки стартов, стартовых комплексах, сопутствующих сооружениях и измерительных пунктах, обеспечивающих эксплуатацию (содержание, ремонт, хранение) в том числе командных пунктов и объектов специального назначения Космических войск.
С 1965 г. МТУ «Альтаир», как головное предприятие, выполняет работы по темам главных конструкторов на объектах стратегического назначения Минобороны России; с 1997 г. – на объектах Главного управления специальных программ при Президенте Российской Федерации, Госкорпорации «РОСКОСМОС» в Российской Федерации и за рубежом.
В 1998г. МТУ «Альтаир» переименовано в Федеральное государственное унитарное предприятие «Монтажно-технологическое управление «Альтаир».
С 2007г. ФГУП МТУ «Альтаир» совместно с ФГУП ГКНПЦ им. М.В. Хруничева выполняет работы по монтажу технологического оборудования по программе «Союз» в Французской Гвиане.
За своевременное и качественное выполнение заказов государственной важности 188 работников предприятия были награждены орденами и медалями.
15.03.2012 г. ФГУП МТУ «Альтаир» преобразовано в Открытое акционерное общество «Монтажно-технологическое управление «Альтаир» (сокращенное наименование ОАО МТУ «Альтаир»).
В настоящее время полное наименование непубличного акционерного общества: Акционерное общество «Монтажно-технологическое управление «Альтаир» (сокращенное наименование АО "МТУ "Альтаир").